Řada podnikatelů má obavy, že data z elektronické evidence tržeb bude moci někdo zneužít a že se stát stává tzv. Velkým bratrem, který chce mít o každém stále více informací.
Ministerstvo financí ubezpečuje, že systém pro EET je zařazený do kritické infrastruktury státu a tak je jeho zabezpečení a bezpečné fungování klíčovou prioritou. Podnikatelé nemusí mít strach, že se do systému nabourají hackeři a data prodají na černém trhu. Zabezpečení je dostatečné a navíc pokladna v datové zprávě na finanční úřad odesílá pouze identifikační údaje podnikatele a provozovny, výši tržby a datum a čas. Ve zprávě nejsou údaje o zakoupeném zboží zákazníkem.
Mnohem větší riziko hrozí podnikatelům, že se nepovolaná osoba dostane k datům v jejich počítači.
Ne všichni podnikatelé řeší ochranu svých dat v maximální míře.
Pro drobné podnikatele, kteří budou podle svého druhu podnikání postupně nuceni řešit elektronickou evidenci tržeb, se nabízí jednoduché řešení zabezpečení dat odesílaných na ministerstvo financí.
Tímto řešením je chytrá pokladna miniPOS. Tento pokladní systém prodejní doklady přenáší a ukládá automaticky na dobře zabezpečené místo a podnikatel k nim má kdykoliv a odkudkoliv přístup.