Kontrolu plnění povinností souvisejících s elektronickou evidencí tržeb budou provádět finanční a celní úřady.
Kontrolní orgány budou mít pravomoc provádět kontrolu také formou kontrolního nákupu.
Při ukládání pokut za správní delikty uvedené v zákoně o evidenci tržeb se jako procesní právní předpis uplatní správní řád. V případě ukládání pokut za přestupky uvedené v zákoně o evidenci tržeb se jako procesní právní předpis uplatňuje zákon o přestupcích.
Právnické a podnikající fyzické osoby, které se dopustí správního deliktu tím, že závažným způsobem ztíží nebo zmaří evidenci tržeb nebo jako osoba, která eviduje tržby, poruší povinnost zaslat datovou zprávou údaje o evidované tržbě nebo vystavit zákazníkovi účtenku bude sankcionována dle ustanovení § 29. Za takovéto delikty muže být uložena pokuta až do výše 500 000 Kč. Pokud tyto osoby poruší povinnost umístit informační oznámení či zacházet s autentizačními údaji nebo certifikátem pro evidenci tržeb tak, aby nemohlo dojít k jejich zneužití, dopustí se správního deliktu, za který může být uložena pokuta do výše 50 000 Kč.
Výše pokuty bude stanovena na základě správní úvahy kontrolního orgánu a vždy bude odpovídat závažnosti porušení povinnosti. V krajním případě při opakovaném nebo závažném porušení zákona
může kontrolní orgán sáhnout k uzavření provozovny a pozastavení výkonu činnosti.
Ani drobní podnikatelé provozující bary, kavárny, pivnice, hospody, penziony a další stravovací a ubytovací zařízení se EET nevyhnou. Všem se určitě vyplatí řešit elektronickou evidenci tržeb pro jejich provoz včas.
Uvedeným podnikatelům budou ke splnění EET určitě stačit jednoduché pokladní systémy typu chytré pokladny miniPOS.